تیم

۱- عضو هیئت علمی دانشگاه دانش البرز
۲- مدرس دروس تخصصی رشته های بیوتکنولوژی، بیوتکنولوژی میکروبی، ژنتیک، سلولی و مولکولی و میکروبیولوژی در مقاطع کارشناسی و کارشناسی ارشد به مدت ۱۴ نیم سال و تدریس دروس اختصاصی زیست فناوری (میکروبی، جانوری، دارویی، پزشکی، گیاهی و ….) بیوانفورماتیک، زیست شناسی سامانه ای، ژنتیک مولکولی، بیوشیمی متابولیسم و ساختارها، زیست سلولی و مولکولی، مهندسی ژنتیک، ویروس شناسی و …
۳- مدرس دانشگاه علم و فرهنگ به مدت ۱۰ نیم سال در رشته های بیوتکنولوژی- بیوتکنولوژی میکروبی – ژنتیک – سلولی و مولکولی و میکروبیولوژی و تدریس در دروس تخصصی بیوانفورماتیک، مبانی زیست شناسی سلولی و مولکولی، مهندسی ژنتیک، زیست شناسی سامانه ها، مبانی زیست فناوری، زیست فناوری میکروبی، زیست فناوری جانوری، زیست فناوری محیط زیست و …
۴- کارشناس ارشد بخش زیست شناسی سامانه ها از تاریخ از ۰۱/۱۰/۹۵ الی ۰۴/۰۵/۹۷ با پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی وزارت جهاد کشاورزی در پروژه های مشترک درون بخشی و آنالیز داده ای بیوانفورماتیکی با ارائه مدرک معتبر از این سازمان
۵- مشاور بخش آنالیز داده های ژنوم گیاهی و جانوری شرکت دانش بنیان رایانش سریع هزاره ایرانیان طی سال ۹۴ الی ۹۵
۶- کارشناس بخش بیوانفورماتیک شرکت دانش بنیان آوان زیست کاووش در زمینه آنالیز داده های بزرگ ژنوم گیاهی و جانوری به مدت یک سال طس سال ۹۶ الی ۹۷
۷- مدرس دوره ای کارآموزی بیوانفورماتیک برگزار شده توسط شرکت دانش پژوهان بین المللی زیستا، تحت نظر انجمن بیوتکنولوژی ایران به مدت ۶ سال
۸- مدرس دوره آموزشی نرم افزار R در تجزیه و تحلیل داده ای NGS در پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی ایران
۹- مدرس کارگاه آموزشی ” Next-Generation Sequencing Data Analysis (RNA seq and Small RNA seq) ” برگذار شده توسط پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک
۱۰- مدرس کارگاه آموزشی” Comparative Genome Analysis, Variant Discovery and De novo Assembly ” برگذار شده توسط پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک
۱۱- همکار طرح بین المللی مطالعه و بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت گاومیش های بومی ایران مصوب شده توسط پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی وزارت جهاد کشاورزی طی سال های ۹۶ و ۹۷
۱۲- مشاور و داور مقالات و پایان نامه های دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری دانشگاه های دولتی، آزاد و پیام نور در سراسر کشور در زمینه آنالیزهای پیشرفته ژنوم جهت شناسایی واریانت های ژنتیکی

۱- مدرس کارگاه های آموزشی بیوانفورماتیک در همکاری با انجمن بیوتکنولوژی ایران و گروه آموزشی و تحقیقاتی نخبگان زیستا
۲- مدرس دوره ای کارآموزی بیوانفورماتیک برگزار شده توسط شرکت دانش پژوهان بین المللی زیستا، تحت نظر انجمن بیوتکنولوژی ایران به مدت ۲ سال
۳ – آنالیز داده های RNA-seq به طور کامل با استفاده از نرم افزار R و Linux
۴ – Multivariate analysisبا استفاده از نرم افزار R
۵ – انجام آنالیز های آماری مانند T-test ، Correlation ، Annova ، Standard Deviation ، Standard Error ، با استفاده از نرم افزار R
۶ – آنالیز داده های RNA-seq و small RNA-seq به طور کامل با استفاده از نرم افزار ClC Genomics Workbench و Linux
۷ – De novo assembly و آنالیز SNP/variantداده های NGS با استفاده از نرم افزار ClC Genomics Workbench و Linux
۸ – تسلط به زبان برنامه نویسی جاوا در آنالیز داده ها بخصوص در زمینه RNA-seq
۹ – آنالیز کامل داده های تعیین توالی کل ژنوم با استفاده از Linux و R در ضمینه مطالعات جمعیتی و بررسی ساختارهای ژنومی جهت شناخت و بررسی تغییرات ژنومی و شناسایی پلی مورفیسم های و نحوه تشخیص آنها
۱۰ – آشنایی کامل با بیش ۲۰ سایت تخصصی در زمینه بیوانفورماتیکی و گرفتن داده و یا اطلاعات لازم بخصوص در زمینه متا آنالیز داده ها
۱۱ – تدریس و آنالیز داده های small RNA-seq and RNA-seq و Comparative Genome Analysis, Variant Discovery and De novo Assembly در اولین دوره کارگاه های تخصصی بیوانفورماتیک در پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری ایران
۱۲ – تدریس نرم افزار R در پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران در زمینه های Multivariate analysis ، T-test ، Correlation ، Annova ، Standard Deviation ، Standard Error و RNA-seq

ترجمه و تالیف کتاب ژنتیک مولکولی انسانی استراخان در دو جلد. انتشارات دانشگاه علوم پزشکی ایران با همکاری دکتر نجات مهدیه. چاپ ۱۳۹۸

۱- Rafiepour, Mostafa, Esmaeil Ebrahimie, Mohammad Farhad Vahidi, Ghasem Hosseini Salekdeh, Ali Niazi, Mohammad Dadpasand, Dong Liang et al. “Whole genome re-sequencing reveals adaptation prior to the divergence of buffalo subspecies.” Genome Biology and Evolution (2020).
———-
۲- SSR assessment of the genetic diversity of emmer wheat with emphasis on Iranian landraces (Triticum dicoccon Schrank). Mostafa Rafeipour, Ghader Mirzaghaderi* , Salar Shaaf , Hedyeh Badakhshan. Genet Resour Crop Evol (2016) 63:595–۶۰۰
———–
۳- Wheat-Rye Translocation in Iranian Bread Wheat Cultivars and Their Ion Distribution in Response to Salinity Stress. G. Mirzaghaderi1*, G. Zeinali1, Mostafa Rafiepour, and G. Karimzadeh2. J. Agr. Sci. Tech. (2011) Vol. 13: 1163-1172
———-
۴- Mahboobnia, Pegah, Mostafa Rafiepour, Reza Mahdian, and Farinaz Behfarjam. “Identification of key genes as potential biomarkers involved in triple-negative breast cancer using RNA sequencing transcriptomic data analysis of breast cancer patients compared to healthy individuals.” Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology) (2022).
———-
۵- Whole genome sequencing for detection copy number variation in genome Chiken subspecies. Mostafa Rafiepour, Saber Qanbari, Dong Liang, Jingfang Si, Xiangdong Ding, Jianlin Han, Yi Zhang*. SUBMIT TO Genome Biology and Evolution.
———–
۶- Identification of genes with significant differential expression in breast cancer patients using transcriptome data analysis. pegah mahbobnia, Mostafa Rafiepour, R Mahdian, F Behfarjam*.1st International and 10th National Iranian Conference on Bioinformatics (ICB).
———-
۷- Liver tissue transcriptome data analysis for identification of key miRNAs in sheep (Ovis aries) with different dites. S Sarabandi, F Behfarjam, Mostafa Rafiepour*. 1st International and 10th National Iranian Conference on Bioinformatics (ICB)
———–
۸- Analysis of Genetic Diversity of Emmer Wheat (Triticum dicoccum Schübl. And Triticum dicoccoides Aschers.) and their Ion Distribution in Response to Salinity Stress. Mostafa Rafiepour, G Mirzaghaderi, H Badakhshan, A Siosemardeh. Iranian Genetics Congress.
———-
۹- Total RNA transcript analysis to identify regulatory non-coding RNAs and their targets in response to drought stress in wheat (Triticum aestivum L.). Mohammad Ali Zare, Nasim Zarinpanjeh, Hamideh Khalaj, Mostafa Rafiepour, Syyed Reza Mir Alizadeh. Cellular and Molecular Research (Iranian Journal of Biology) (2025).
———-۱۰- ارزیابی تنوع ژنتیکی گندم های اِمر اهلی و وحشی (Triticum dicoccum Schubl. و Triticum dicoccoides Aschers.) با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره و توزیع یونی آنها در پاسخ به تنش شوری. مجله علمی پژوهشی ژنتیک نوین. ویژه نامه دوازدهمین کنگره ژنتیک ایران
——
۱۱- ارزیابی تنوع ژنتیکی گندم های اِمر اهلی و وحشی (Triticum dicoccum Schubl. و Triticum dicoccoides Aschers.) با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره(SSR). اولین کنگره ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران. مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران
———-
۱۲- بررسی خصوصیات فنوتیپی و مولکولی جدایه های باکتری عامل سوختگی جوانه با استفاده از تکنیک rep-PCR. اولین کنگره ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران. مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران

۱- Identification of genes with significant differential expression in breast cancer patients using transcriptome data analysis, 1st International and 10th National Iranian Conference on Bioinformatics (ICB), Kish Island, Iran, 2022.
Pegah Mahbobniya, Mostafa Rafiepour, Reza Mahdian, Farinaz Behfarjam
——–
۲- بررسی تاثیر مصرف مکمل رزوراترول بر آنزیم¬های کاتالاز، گلوتاتیون پراکسیداز، گلوتاتیون احیا شده و بیان ژن TNF-α در بافت کلیه موش¬های مبتلا به دیابت، نهمین همایش ملی مطالعات و تحقیقات نوین در حوزه زیست شناسی و علوم طبیعی ایران. دانشگاه علم و فرهنگ، ۱۴۰۲.
مینا عربگری، فریناز به فرجام، مصطفی رفیعی پور
———
۳- Liver tissue transcriptome data analysis for identification of key miRNAs in sheep (Ovis Aries) with different diets. 1st International and 10th National Iranian Conference on Bioinformatics (ICB), Kish Island, Iran, 2022. Sajed Sarabandi, Farinaz Behfarjam, Mostafa Rafiepour
———
۴- شناسایی و مقایسه واریانت¬های ژنتیکی دخیل در تنوع فنوتیپی افراد مبتلا به دو نوع تالاسمی بتا (Intermedia-Major) با استفاده از آنالیز¬ داده¬های ترانسکریپتوم، پنجمین همایش بین المللی و سیزدهمین همایش ملی بیوتکنولوژی ایران دانشگاه شهید بهشتی، ۱۴۰۲. حوا کوچکی، فریناز به فرجام، علی صفری، مصطفی رفیعی پور
———-
۵- بررسی ارتباط پلی مورفیسم ناحیه پروموتوری (rs3758391) ژن SIRT1 در افراد مبتلا به دیابت نوع دو، پنجمین همایش بین المللی و سیزدهمین همایش ملی بیوتکنولوژی ایران دانشگاه شهید بهشتی، ۱۴۰۲. محمدرضا دهقانی، مصطفی رفیعی پور، فاطمه بختیاری صومعه سرائی، فریناز به فرجام
———
۶- رویکرد¬های نوین در طراحی دارو به کمک آنالیز داده¬های بیوانفورماتیکی، دومین سمینار تخصصی علم داده و کاربرد¬های آن در ارتقا کیفیت و بهره وری صنایع، دانشگاه البرز ۱۴۰۲.
فریناز به فرجام و مصطفی رفیعی پور
——-
۷- FN1 نشانگر زیستی امیدوارکننده برای تشخیص سندرم تخمدان پلی کیستیک، ششمین کنگره بین المللی و هجدهمین کنگره ملی ایران، دانشگاه شهید بهشتی، ۱۴۰۳. مبینا افشاری کاوه ، مریم شاه حسینی، مصطفی رفیعی پور، فریناز به فرجام
——-
۸- بررسی پروفایل بیان ژن‌های دخیل در تکوین مغز انسان با استفاده از داده‌های ترانسکریپتوم، ششمین کنگره بین المللی و هجدهمین کنگره ملی ایران، دانشگاه شهید بهشتی، ۱۴۰۳. امیرحسین آخوندی، مصطفی رفیعی پور، فریناز به فرجام
—-
۹- بررسی شکست DNA اسپرم در افراد الیگواستنواسپرمی و تاثیر آن بر عمل ICSI و تشکیل جنین در مرکز ناباروری رویش کرج، بیست و سومین کنگره ملی و یازدهمین کنگره بین المللی زیست شناسی ایران، دانشگاه تهران، ۱۴۰۳. گلریز لک، فریناز به فرجام، مصطفی رفیعی پور
——
۱۰- بررسی و شناسایی پروفایل بیان ژن های دخیل در تکوین مغز انسان با استفاده از داده های ترانسکریپتوم، بیست و سومین کنگره ملی و یازدهمین کنگره بین المللی زیست شناسی ایران، دانشگاه تهران، ۱۴۰۳. امیرحسین آخوندی، مصطفی رفیعی پور، فریناز به فرجام
——
۱۱. Elucidating Inflammatory Pathways in Polycystic Ovary Syndrome: A Transcriptomic Investigation of Granulosa Cell Gene Expression. 4th International Iranian Conference on Bioinformatic. Zanjan, 2025. Mobina Afshari Kave, Farinaz Behfarjam*, Maryam Shahhosseini, Mostafa Rafiepour
——
۱۲. Identifying the expression profile of genes involved in human brain development using transcriptome data. 4th International Iranian Conference on Bioinformatic. Zanjan, 2025. Amirhosein Akhoondi, Farinaz Behfarjam, Mostafa Rafeipour
—–
۱۳. Upregulation of IL6 as a Hub Gene in Metastatic Breast Cancer: Insights from Gene Expression and Network Analysis. 4th International Iranian Conference on Bioinformatic. Zanjan, 2025. Roxana Tajdini, Farinaz Behfarjam, Maryam Shahhosseini, Mostafa Rafiepour
——
۱۴. Role of COLCA1 and lncRNAs in Early-Stage Breast Cancer Progression: Insights from RNA Sequencing. The 8th international congress on biomedicine, 2025. Roxana Tajdini, Farinaz Behfarjam, Maryam Shahhosseini, Mostafa Rafiepour
——
۱۵- بررسی نقش RNA های غیر کد کننده (LncRNAs) در پاتوژنز و جنبه های درمانی آندومتریوز، ششمین همایش بین المللی و سیزدهمین همایش ملی بیوتکنولوژی ایران، دانشگاه شهید بهشتی، ۱۴۰۴. معصومه پورمحمد دعویسرا، فریناز به فرجام ،مصطفی رفیعی پور
—–
۱۶- بررسی پروفایل بیان ژنی سرطان پستان در سنین ۳۴ و ۶۰ سال: نقش پیری، ششمین همایش بین المللی و سیزدهمین همایش ملی بیوتکنولوژی ایران، دانشگاه شهید بهشتی، ۱۴۰۴. رومینا رضایی، فریناز به فرجام ،مصطفی رفیعی پور
—–
۱۷- بررسی نقش RNA¬های حلقوی در مالتیپل اسکلروزیس نوع عود کننده – فروکش : یک مرور نظام مند، ششمین همایش بین المللی و سیزدهمین همایش ملی بیوتکنولوژی ایران، دانشگاه شهید بهشتی، ۱۴۰۴. شقایق شجاعیان، فریناز به فرجام ،مصطفی رفیعی پور
—–
۱۸- Clinical and Functional Significance of the PIK3CA rs121913273 Variant in Breast Cancer، ششمین همایش بین المللی و سیزدهمین همایش ملی بیوتکنولوژی ایران، دانشگاه شهید بهشتی، ۱۴۰۴. ثنا ضرغامی ، فریناز به فرجام، امیر امیری یکتا، مصطفی رفیعی پور
—–
۱۹- بررسی بالینی و عملکردی واریانت rs909222931 ژن TP53 در سرطان پستان، دومین کنفرانس ملی و اولین کنفرانس بین المللی سلولی تکوین ایران، دانشگاه خوارزمی تهران، ۱۴۰۴.
ثنا ضرغامی ، فریناز به فرجام، امیر امیری یکتا، مصطفی رفیعی پور

همکار طرح بین المللی مطالعه و بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت گاومیش های بومی ایران مصوب شده توسط پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی وزارت جهاد کشاورزی طی سال های ۹۶ و ۹۷ با همکاری دانشگاه کشاورزی چین

۱- شناسایی واریانت های ژنتیکی دخیل در سرطان پستان با استفاده از تکنیک RNA seq – دانشگاه البرز
۲- شناسایی ژن های با اختلاف بیان معنی دار در نمونه های بیماران مبتلا به سرطان سینه با استفاده از داده های ترانسکریپتوم – دانشگاه البرز
۳- شناسایی بیوانفورماتیکی عملکرد miRNA های مرتبط با دیابت نوع دو – دانشگاه البرز
۴- بررسی الگوهای بیان ژن و مکانیسم های مولکولی درگیر در بیماری دیابت نوع دو با استفاده از آنالیزهای بیوانفورماتیکی – دانشگاه البرز
۵- آنالیز بیوانفورماتیکی داده های ترانسکریپتوم بیماران مبتلا به دیابت نوع دو با هدف شناسایی LncRNAهای دخیل در بیماریزایی – دانشگاه البرز
۶- بررسی نقش miRNA ها در افراد مبتلا به سرطان پستان به کمک آنالیز های بیوانفورماتیکی – دانشگاه البرز
۷- شناسایی واریانت های ژنتیکی دخیل در بیماری دیابت نوع ۲ با استفاده از داده های ترانسکریپتوم – دانشگاه البرز
۸- شناسایی و مقایسه واریانت های ژنتیکی گونه های جنس باسیلوس به عنوان پاتوژن غذایی با استفاده از آنالیزهای بیوانفورماتیکی – دانشگاه البرز
۹- بررسی تغییرات بیان ژن با واسطه میکروبیوم در توسعه بیماری سرطان روده بزرگ با استفاده از داده های متااُمیکس – دانشگاه البرز
۱۰- متاآنالیز تأثیر نقش میکروبیوم بر پروفایل بیان ژن در بیماران مبتلا به سرطان پستان – دانشگاه البرز
۱۱- بررسی و شناسایی پروفایل بیان ژن های دخیل در تکوین مغز انسان با استفاده از داده های ترانسکریپتوم – دانشگاه البرز
۱۲- تجزیه و تحلیل یکپارچه داده‌های ترانسکریپتومی افراد مبتلا به سرطان ریه با هدف شناسایی ژن ها و نشانگرهای زیستی شاخص به منظور افزایش پتانسیل تشخیصی و پیش آگهی – دانشگاه البرز
۱۳- شناسایی RNA های طولانی غیر کد کننده (LncRNAs) مرتبط با شدت فنوتیپی در حالت های مختلف (RRMS, PPMS, SPMS) بیماری مولتیپل اسکلروزیس – دانشگاه البرز
۱۴- شناسایی ژن¬های هاب و مسیرهای کلیدی مرتبط با مالتیپل اسکلروزیس بر اساس تجزیه و تحلیل شبکه ژنی- دانشگاه البرز
۱۵- متاآنالیز تجزیه و تحلیل ترکیبی میکروبیوم روده و تأثیر آنها بر پروفایل بیان ژن در بیماران مبتلا به سرطان ریه- دانشگاه البرز
۱۶- مطالعه بررسی رابطه بین میکروبیوتای روده و متابولومیک در سرطان کبد با استفاده از تجزیه و تحلیل داده های متااُمیکس- دانشگاه البرز
۱۷- بررسی نقش تغییرات میکروبیوم (روده و دهان) در سرطان مری (Esophageal cancer) با هدف تعیین نقش پاتوژنزی و پیامدهای بالینی بالقوه آنها- دانشگاه البرز
۱۸- بررسی نقش RNA های تنظیمی در سرطان ریه سلول های غیر کوچک (NSCLC) در مرحله اولیه بیماری (early-stage) به منظور افزایش پتانسیل تشخیص و درمان- دانشگاه البرز
۱۹- بررسی نقش RNA های غیر کد کننده (LncRNAs & microRNAs) در پاتوژنز و جنبه های درمانی آندومتریوز- دانشگاه البرز
۲۰- تحلیل پروفایل‌های بیان ژن و مکانیسم‌های مولکولی مرتبط با استئوسارکوم با استفاده از داده‌های ترنسکریپتوم- دانشگاه البرز
۲۱- مقایسه پروفایل بیان ژن افراد با رنج سنی متفاوت مبتلا به سرطان پستان با هدف بررسی تأثیر سن بر ایجاد بیماری- دانشگاه البرز
۲۲- بررسی نقش lncRNAs و circRNAs به عنوان سطح جدید از مکانیسم تنظیمی بر مالتیپل اسکلروزیس و پیامد های آنها در مسیرهای سلولی- دانشگاه البرز
۲۳- تحلیل نقش آپوپتوز و تغییرات اپی‌ژنتیکی در پیشرفت و مقاومت درمانی سرطان ریه: مقایسه سلول‌های سرطانی و سالم در گروه‌های سنی مختلف- دانشگاه البرز
۲۴- مقایسه متاژنوم روده بیماران مبتلا به سرطان معده (Neoplastic Tissue) و مخاط غیر سرطانی (Gastric Mucosa) و بررسی تأثیر این میکروبیوم در پروفایل بیان ژن افراد بیمار و سالم- دانشگاه البرز
۲۵- شناسایی ژن¬های دارای بیان افتراقی و بررسی ارتباط احتمالی آن¬ها در سلول های گرانولوزای افراد مبتلا به سندرم تخمدان پلی کیستیک با استفاده از آنالیز داده¬های ترنسکریپتوم- پژوهشگاه رویان
۲۶- تجزیه و تحلیل جامع پروفایل‌های بیان ژن جهت شناسایی عوامل پیش‌آگهی در سرطان پستان اولیه و متاستاتیک- پژوهشگاه رویان
۲۷- غربالگری و مقایسه واریانت‌های مرتبط با بیومارکرهای سرطان سینه غیرتهاجمی و تهاجمی- پژوهشگاه رویان

کارگاه های آموزشی۱- مدرس دوره ای کارآموزی بیوانفورماتیک برگزار شده توسط شرکت دانش پژوهان بین المللی زیستا، تحت نظر انجمن بیوتکنولوژی ایران در ۵ دوره به مدت دو سال
۲- مدرس کارگاه های آموزشی کنگره ملی و بین المللی بیوتکنولوژی از تابستان ۱۴۰۰ تا به امروز
۳- “کارگاه آشنایی با نرم افزار SPSS” برگزار شده در دانشگاه کردستان گروه علوم زیستی و بیوتکنولوژی
۴- “کارگاه آشنایی با نرم افزار Endnote” برگزار شده در دانشگاه کردستان گروه علوم زیستی و بیوتکنولوژی
۵- شرکت در اولین مسابقه حل مسئله نوآورانه به صورت گروهی هفت نفری در دومین فن بازار ملی سلامت ایران
۶- شرکت در هفدهمین سمپوزیوم بین المللی پروتئوم به میزبانی پژوهشکده رویان در ایران- تهران
۷- “کارگاه کاربرد نرم افزار R در تجزیه تنوع ژنتیکی و ژنتیک جمعیت” برگذار شده در مؤسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر توسط انجمن ژنتیک ایران
۸- ” کارگاه Meta-analysis of high-throughput sequencing data” برگذار شده توسط پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک
۹- ” کارگاه Network analysis, Gene ontology and Promoter analysis ” برگذار شده توسط پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک
 عضویت در انجمن ژنتیک ایران
 عضویت در انجمن بیوتکنولوژی ایران
 عضویت در انجمن ایمنی زیستی
————
مهارت های نرم افزاری
۱- مسلط بر نرم افزار office
۲- مسلط بر نرم افزار آماری SPSS
۳- مسلط بر نرم افزار EndNote
۴- مسلط بر نرم افزار طراحی پرایمر Gene runner
۵- مسلط بر نرم افزار آماری R
۶- مسلط بر نرم افزار طراحی پرایمر primer3
۷- مسلط بر نرم افزار آنالیز ژنوم GATK
۸- مسلط بر نرم افزار حاشیه نویسی واریانت های ژنوم SnpEff
۹- مسلط بر نرم افزار حاشیه نویسی ژن VEP
۱۰- آشنایی سیستم عامل لینوکس Linux
۱۱- آشنایی با زبان برنامه نویسی Java
۱۲- آشنایی با نرم افزار¬های طراحی siRNA از جمله siDESIGN, sidirect, jura siRNA selection server, sfold, Mfold
۱۳- آشنایی با زبان برنامه نویسی python
۱۴- آشنایی با نرم افزار Cytoscape در ترسیم شبکه های ژنی